冷卻水路應堅持暢透，不然水溫升高形成停機。這是真空爐作業常常披忽視的問題當無人辦理時可能會導致真空爐的嚴重破壞。用生物分化化學輔佐辦法處理冷卻水，意圖是堅持礦物質呈懸浮態，削減橡皮管、蛇形管和水套內沉淀物累積，以使水流疏通。
這一般選用一種主動設備來完結，它可以監測水的導電性，主動彌補化學劑，沖冼水路，增加新鮮水。與隸屬蒸氣過濾體系合作，這種辦法還可以確保水的pH值操控，避免在冷卻水體系中剩余礦物質堆積。在體系作業安穩后，至少應每月一次進行水質實驗以防過處理或欠過理。
真空爐外殼和熱交換器資料的實驗樣品也應放在水路體系中，每年做一次分量丟失查驗以查看處理的作用。對分散泵的蛇形管冷卻器有必要特別注意。應該常常查看。假如阻塞了，分散泵將會過熱并損失功用，并且還進一步引起分散泵加熱器焚毀，形成貴重的、費時的修補。當蛇形冷卻水管阻塞時，將水路同水源斷開，排水并用壓縮空氣吹通或用稀醋酸溶液沖刷。
關鍵是做好停電應急辦法，操控柜應有電源急停設備。有必要做好停電的預防辦法！碰上俄然停電時可用發電機抽冷卻水，也可沖氮氣冷卻真空爐。避免真空爐因停電而超溫損壞密封圈。真空爐的真空抽氣體系中裝備與電源聯鎖的主動閥門，在發生停電事端時可以關斷抽氣管路，避免空氣和真空泵油進入爐內。
